Keberhasilan Inggris mengalahkan Prancis di Eropa menyebabkan kekuasaan Belanda atas Indonesia bergeser ke tangan Inggris. Untuk itulah ditandatangani Kapitulasi Tuntang (1811) yang isinya Belanda menyerahkan Indonesia ke tangan Inggris dari tangan Jansens kepada Thomas Stamford Raffles, seorang Letnan Gubernur Jenderal Inggris untuk Indonesia. Raffles adalah seorang liberalis juga seorang terpelajar yang berusaha memajukan ilmu pengetahuan bagi masa depan. Dia tertarik pada sejarah, kebudayaan, dan seni. Hasil penyelidikannya dikumpulkan dalam buku History of Java (1817). Ia juga menghidupkan kembali perkumpulan para ahli ilmu pengetahuan (Bataviaasch Genootschap). Ia juga membangun penelitian kebun pertanian (sekarang Kebun Raya di Bogor). Ia juga menemukan bunga bangkai yang diberi nama Rafflesia arnoldii yang berada di Kebun Raya Bogor tersebut
Karena keberhasilan Inggris dalam mengalahkan Prancis, beralihlah Indonesia dari tangan Belanda ke tangan Inggris.
Adapun langkah-langkah yang diambil Raffles dalam pemerintahannya adalah:
a. membagi Pulau Jawa menjadi 16 karesidenan,
b. para bupati dijadikan pegawai negeri,
c. melaksanakan perdagangan bebas,
d. melaksanakan land rente(pajak sewa tanah) dan Raffles menjual tanah kepada swasta,
e. menghapuskan perbudakan, dan
f. kekuasaan para raja dikurangi. Di Yogyakarta, Pangeran Notokusumo diangkat sebagai Paku Alam (1813). Akibatnya, Mataram Yogyakarta pecah menjadi dua, yaitu Kasultanan Yogyakarta di bawah HB III dan Paku Alaman di bawah Paku Alam I.
Pada waktu Indonesia dijajah Inggris, pusat kekuasaan Inggris di Timur jauh adalah Kalkuta, India, dengan Lord Minto sebagai gubernur jenderalnya.
Pada tanggal 13 Agustus 1814, di Eropa ditandatangani Perjanjian London oleh Inggris dan Belanda yang isinya Belanda memperoleh kembali sebagian besar daerah koloninya, termasuk Indonesia. Oleh karena itu pada tahun 1816, Raffles meninggalkan Indonesia dan Belanda kembali berkuasa di Indonesia. Kekuasaan Inggris atas Indonesia hanya selama 5 tahun, yaitu dari tahun 1811-1816.
